New York in una biomappa microbica

Quando l’arte si fa micro

La metropolitana di New York: un traffico perenne di persone, di incontri. Una coppia all’angolo si scambia un bacio, chissà se un addio o un arrivederci. Un vagabondo in compagnia del suo cane chiede l’elemosina, mentre un ragazzino incappucciato a suo lato starnutisce prima di aiutare una madre a scendere le scale con la carrozzina. Una ragazza finisce di mangiare il suo untuoso pezzo di pizza un secondo prima dell’arrivo della metro. Ci siamo, tutti dentro. Si parte. Ma un mondo microscopico è rimasto a terra: è il popolo di batteri metropolitano, un microcosmo generato dalle vita viandante frenetica. Una biomappa che ci ispirerebbe solo disgusto, ma che allo stesso tempo è l’identikit di una città.

Identificare questa biomappa è stato l’obbiettivo dei ricercatori 
del Weill Cornell Medical College a capo del progetto PathoMap , con la collezione del materiale genetico di circa 15000 specie batteriche diverse, la maggior parte delle quali inoffensive per la salute umana.

Figura 1: Procedimento per la costruzione del Metagenoma di New York

In concreto, il progetto si è basato sulla raccolta di campioni di DNA in 466 fermate metropolitane di New York in un arco di tempo di quasi 18 mesi. Superfici metalliche, panchine, chioschi, appoggiamano di scale mobili: un’ispezione a piena regola per ottenere la maggior quantità possibile di informazione genetica. Dei 4200 campioni raccolti, i ricercatori sono stati in grado di analizzarne solo 1457, attraverso le avanzate tecnologie della Next Generation Sequencing.

Al fine di creare un profilo metagenomico della città, i ricercatori hanno creato un’applicazione per iOS ed Android in grado di mostrare in tempo reale il database dei meta-dati. Ciascun campione è stato “geo-etichettato” con delle coordinate specifiche all’interno di una biomappa della città, tale da ottenere una visione grafica della diversità microbica delle varie aree metropolitane della Big City.

Ovviamente, la categoria microbica vincente era rappresentata dai batteri, con il 46,9 % di letture, seguiti da organismi eucariotici, virus, Archea e plasmidi. La specie batterica prevalente era Pseudomonas stuzeri, particolarmente abbondante nell’area meridionale di Manhattan.

Sorprendentemente, solo il 12% delle sequenze geniche identificate corrispondeva a specie patogene o antibiotico-resistenti, un dato che confermerebbe le metropolitane come luoghi sicuri dal punto di vista della salute, nonostante le apparenze possano facilmente trarre in inganno.

Affascinato da questo bizzarro progetto, il fotografo ed illustratore Craig Ward ha deciso di prendere le veci dei ricercatori e plasmarsi biologo. Alla ricerca del mondo microscopico, Craig Ward si è munito di spugne sterili per raccogliere una serie di campioni ambientali nelle metropolitane. Gli strisci di spugna sulle più comuni superfici di contatto umano nelle metro sono stati successivamente coltivati in terreni di comune crescita batterica, come il TSB (Tryptic Soy Broth). I risultati sono delle piccole opere d’arte su piastre Petri (Figura 2). Batteri, funghi e muffe cresciuti indistintamente sulle impronte lasciate sul TSB dalle spugne collezionate dalle varie metro. Una biomappa microbica in piastra, che riprende la forma delle lettere iniziali delle fermate metro da cui deriva ciascun inoculo.

Un’idea originale, bizzarra e curiosa che ci permette di apprezzare la nostra coesistenza urbana con un microbioma ricco e variato.

Figura 2: Piastre Petri con crescita microbica derivante dall’impronta lasciata da ciascuna delle spugne impregnate di vita batterica delle metropolitane di New York

Serena Galiè

Bibliografia:

  • Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics (Ebrahim Afshinnekoo et al., 2015)
  • https://everwideningcircles.com/2018/07/24/bacteria-art-good-bacteria/

Informazioni su Serena Galié 35 Articoli
Laureata in Biotecnologie Mediche con curriculum internazionale in Management in Medical Biotechnology presso l'Università Alma Mater Studiorum di Bologna. Master in Biotechnology of Environment and Health presso l'Università di Oviedo, in Spagna. Attualmente studentessa di un PhD in Nutrizione e Metabolismo presso l'Università Rovira I Virgili, a Tarragona in Spagna.

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