Dalla Cina una banca del microbioma orale

Fusobacterium_novum

Negli ultimi anni, più studi hanno evidenziato come il microbioma umano sia correlato alle malattie sistemiche. Già alla fine del 2007, il National Institute of Health (NIH) aveva lanciato il progetto Human Microbiome, mirato a mappare i genomi di cinque parti principali del corpo umano (boccale, nasale, vaginale, intestinale e cutanea). Tuttavia, nel tempo, la ricerca sul microbiota orale umano non ha fatto tanti progressi quanto ad esempio la ricerca sul microbiota intestinale. Attualmente, infatti, le relazioni causali tra il microbiota della bocca e le patologie orali non sono chiare e si conosce ancora poco sul legame tra lo stesso microbiota e le malattie sistemiche dell’uomo.

Cavo orale: dove si nascondono i microrganismi?

La cavità orale umana è una nicchia ecologica complessa. In questo contesto si nascondono numerosi piccoli “inquilini”: gengive, mucose, labbra, denti, saliva e lingua offrono loro un ambiente ospitale e condizioni adatte alla proliferazione. Si può dire che la microflora orale, colonizzata su substrati diversi, ha una significativa specificità spaziale.

Nel processo di crescita e sviluppo individuale, il microbioma boccale si modifica dinamicamente: con l’aumento dell’età e i cambiamenti dentali, si verificano anche variazioni fisiologiche nel microbioma orale. La cavità buccale, inoltre, è un ambiente interattivo e alcune malattie che interessano questa parte del corpo sono correlate a microrganismi presenti in essa. La realizzazione di un database microbico orale completo, pertanto, sarebbe di grande importanza per studi multifattoriali in tale ambito.

Panoramica del database online

Per la realizzazione del progetto gli scienziati hanno prelevato dalla popolazione cinese campioni di saliva, di placca dentale, di altre infezioni (per es. fluido di ascesso parodontale) e di malattie della mucosa orale.

Il Chinese Oral Microbiome Database, attualmente, si compone di due parti principali. Un settore è rappresentato dall’informazione sui ceppi batterici nella popolazione cinese, basato sulle sequenze del gene rRNA 16S utilizzate per definire i taxa batterici orali individuali e per creare le strutture tassonomiche nel database. La seconda sezione riguarda invece l’informazione del campione clinico, ottenuta attraverso sequenziamento di seconda generazione e analisi multi-omiche con lo scopo di raccogliere indicazioni biologiche per le analisi di correlazione.

La banca contiene dati per un totale di 289 ceppi batterici per i quali gli esperti hanno identificato anche la biochimica e le proprietà molecolari. Tutti i batteri, inoltre, sono stati messi in coltura e analizzati fenotipicamente: è stata valutata la morfologia coloniale, la colorazione di Gram e l’acquisizione di immagini attraverso il microscopio elettronico a scansione, il microscopio elettronico a trasmissione e il microscopio confocale laser.

Un sito dalla grafica semplice e intuitiva

Il menu di navigazione superiore fornisce una voce per ciascuna funzione del database. Registrazione e accesso sono situati in alto a destra. Il layout della pagina di visualizzazione contiene un modulo di ricerca e un elenco dei batteri per taxa. Le informazioni microbiche possono essere cercate usando una parola chiave, e i risultati appaiono elencati secondo un criterio ascendente o discendente per ordine, famiglia o genere (Figura 1).

Figura 1 Descrizione delle funzioni del database (International Journal of Oral Science, 2018).

Il database, le query e le funzioni statistiche sono state progettate e sviluppate secondo i suggerimenti di più di 20 professionisti nella ricerca sul microbioma con più di 10 anni di esperienza. Per migliorare la visibilità e l’usabilità dell’OMBC, gli studiosi sono all’opera su ampie ricerche di big data al fine di ottenere approfondimenti riguardo alcuni aspetti del microbioma orale, come, ad esempio, le reti di interazione tra batteri. “La nostra missione e responsabilità è anche quella di costruire questo database in una piattaforma nazionale come componente importante del campo del microbioma mondiale e a beneficio dei ricercatori che lavorano in questo settore” scrivono Liao Ga e colleghi, autori del progetto.

Angela Chimienti

Fonte:
  • Peng Xian, Zhou Xuedong, Xu Xin, Li Yuqing, Li Yan, Li Jiyao, Su Xiaoquan, Huang Shi, Xu Jian and Liao Ga, The Oral Microbiome Bank of China, International Journal of Oral Science (2018) 10:92–101; https://doi.org/10.1038/s41368-018-0018-x [Open acces] Creative Commons Attribution 4.0 International License
Crediti immagini:
  • Immagine in evidenza: Fusobacterium novum after being cultured in a thioglycollate medium. Obtained from the CDC Public Health Image Library. Image credit: CDC/Dr. V. R. Dowell, Jr. (PHIL #2965), 1972. [Public domain] via Wikimedia Commons.
  • Figura 1: Peng Xian, Zhou Xuedong, Xu Xin, Li Yuqing, Li Yan, Li Jiyao, Su Xiaoquan, Huang Shi, Xu Jian and Liao Ga, The Oral Microbiome Bank of China, International Journal of Oral Science (2018) 10:92–101; https://doi.org/10.1038/s41368-018-0018-x [Open acces] Creative Commons Attribution 4.0 International License.

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