L’importanza del micobioma nell’infezione da HIV

La comunità di microrganismi ospitata nell’intestino umano è indicata con il termine di microbioma; e ne fanno parte sia le popolazioni batteriche (batterioma) che quelle fungine (micobioma). Mentre la prima è ben nota e sempre più studiata in relazione a stati fisiopatologici, il peso del micobioma è spesso sottovalutato e poco approfondito. Recenti investigazioni stanno invece mettendo in evidenza il suo ruolo non solo nel contesto di un microbiota sano, ma anche di alterazioni che possono essere connesse a stati di malattia.

In effetti, una pubblicazione del 2014 ha rivelato una correlazione positiva tra Escherichia coli, Serratia marcescens ed il fungo Candida tropicalis nel tratto gastrointestinale di pazienti affetti dal morbo di Crohn rispetto a soggetti sani. Analisi in vitro hanno infatti dimostrato che questi microrganismi possono interagire e cooperare nella formazione di biofilm che provocano l’attivazione del sistema immune dell’ospite e suggerendo l’esistenza di un complesso macchinario strategico di sopravvivenza sostenuto dalla spinta evolutiva.

Esaminando il microbioma di pazienti contagiati dal virus dell’immunodeficienza umana (HIV) è emerso inoltre che le popolazioni batteriche e fungine possono essere alterate in maniera diversa in conseguenza all’infezione. Dall’analisi della composizione del microbioma orale in individui sani e malati è emerso che, al contrario del microbioma, il micobioma risulta alterato rispetto alle specie fungine predominanti: Candida, Epicoccum, and Alternaria nei pazienti rispetto a Candida, Pichia, and Fusarium.

Risultati simili sono emersi da analisi sullo studio del micobioma intestinale, le quali hanno rivelato la prevalenza di funghi del genere Candida nei malati da HIV rispetto ai controlli, soprattutto in seguito a trattamento antibiotico.

Per quanto riguarda il micobioma del tratto respiratorio, analisi di campioni liquido broncoalveolare hanno dimostrato che alcune specie fungine (Pneumocystis jirovecii, Junghuhnia nitida, Phlebia tremellosa, Oxyporus latemarginatus, Sebacina incrustans, Ceriporia lacerata, Pezizella discrete, Trametes hirsuta, e Daedaleopsis confragosa) sono sovraespresse nei malati di HIV e in particolare due di queste (P. jirovecii e C. lacerata) sono dovute a patologie polmonari associate a immunosoppressione.

Studi di questo genere sono recentissimi e per questo non sistematici e chiari. Questi primi risultati, tuttavia, spingono oggi alla ricerca di conoscenze sempre più dettagliate sulla complessità del microbiota, in un’ottica che tenga conto di tutte le popolazioni che lo compongono e delle interazioni tra di esse. Risulta quindi necessario un approccio globale che permetta di valutare come batterioma, micobioma, viroma e i loro metaboliti siano in grado di cooperare ed interagire e, in questo modo, trovare una strategia vincente per migliorare l’approccio terapeutico nel paziente.

 

Roberta Ranieri

Fonti:

Mukherjee PK, Chandra J, Retuerto M, et al. Oral mycobiome analysis of HIVinfected patients: identification of Pichia as an antagonist of opportunistic fungi. PLoS Pathog 2014

Hager CL, Ghannoum MA. The mycobiome in HIV. Curr Opin HIV AIDS. 2017

Cui L, Lucht L, Tipton L, et al. Topographic diversity of the respiratory tract mycobiome and alteration in HIV and lung disease. Am J Respir Crit Care Med 2015

Ghannoum M. Cooperative evolutionary strategy between the bacteriome and mycobiome. MBio 2016

Witherden EA, et al. The Human Mucosal Mycobiome and Fungal Community Interactions. J. Fungi 201717

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