Coronavirus 2019-nCoV, una meta-analisi tutta italiana

Coronavirus 2019-nCoV

Lo conoscete. I giornali ne parlano costantemente. E anche i social, tra meme ironici, post preoccupati e speculazioni a volte veritiere e a volte no, ne sono ridondanti. Il coronavirus 2019-nCoV ha sollevato sconcerto fin dalle prime battute di questo nuovo decennio.

Team di ricerca di tutto il mondo si sono messi in moto per studiare questo nuovo patogeno e anche in Italia, soprattutto dopo l’isolamento del virus presso l’Istituto Spallanzani, si stanno facendo passi avanti sulla sua comprensione. Grazie alle scoperte recenti possiamo ricostruire il percorso evolutivo ed epidemiologico del 2019-nCoV. Ma andiamo con ordine…

Trasmissione del Coronavirus

Uno studio avviato dal Centro cinese per il controllo e la prevenzione delle malattie (Cdc), coordinato da Qun Li e pubblicato sul New England Journal of Medicine, afferma che le prime trasmissioni del virus da uomo a uomo sono avvenute a metà dicembre 2019. Tra i primi 425 malati di polmonite da coronavirus, l’età media era di 59 anni, con poco più della metà dei pazienti di sesso maschile. Diversi di questi svolgevano attività collegate al mercato del pesce di Huanan. Il periodo di incubazione del virus variava dai 5 ai 12 giorni prima di sfociare nella malattia.

In un intervista all’ANSA, Andrea Pugliese, esperto in modelli matematici delle epidemie presso l’Università di Trento, afferma che, ad oggi, possiamo confermare l’inizio dell’epidemia come antecedente all’insorgenza dei primi casi clinici. Aggiunge poi che, in base ai dati rilevati sul periodo di incubazione, è giusto isolare per almeno due settimane un individuo venuto in contatto con potenziali infetti.

Altro dato importante è quello dell’intervallo seriale, cioè il periodo che passa tra l’insorgenza dei sintomi in un paziente infetto e in un secondo soggetto infettato dal primo. Questo intervallo è lungo mediamente 7,5 giorni; inoltre una persona contagiata può a sua volta infettare mediamente altre 2,2 persone. A conti fatti, afferma Pugliese, non è un epidemia incontrollabile, anzi al contrario: una volta trovato un vaccino basterebbe vaccinare il 50% della popolazione per bloccarne la diffusione.

La meta-analisi dell’Università di Bologna e la conferma sull’origine di 2019-nCoV

Una grande meta-analisi realizzata sui genomi finora sequenziati del coronavirus 2019-nCoV è stata pubblicata sul Journal of Medical Virology con il titolo “Genomic variance of the 2019-nCoV coronavirus”. Gli autori sono Federico M. Giorgi, ricercatore al Dipartimento di Farmacia e Biotecnologie dell’Università di Bologna, e Carmine Ceraolo, studente UniBo in Genomics.

Lo studio porta nuove informazioni sulla storia del coronavirus, confermando innanzitutto la sua origine nei pipistrelli. In particolare è stato identificato un coronavirus presente nel pipistrello asiatico Rhinolophus affinis (da qui nominato Bat CoV) che sembra essere il parente più stretto del 2019-nCoV con il quale condivide circa il 96% del genoma. E’ perciò molto probabile che il Bat-CoV possa essere il progenitore di 2019-nCoV che si è successivamente evoluto specializzandosi nell’invadere cellule umane e proliferando tramite trasmissione uomo-uomo.

I nuovi dati da cui partire per la ricerca medica

La scoperta porta ad escludere altri organismi presi in considerazione come primi portatori del virus come pesci e serpenti. Inoltre, la meta-analisi suggerisce che, geneticamente parlando, 2019-nCoV sia molto più simile al coronavirus dei pipistrelli piuttosto che al virus della SARS (match della sequenza genomica di 96,2% tra 2019-nCoV e Bat-CoV, contro appena l’80% tra 2019-nCoV e SARS).

Figura 1 - Albero filogenetico dei coronavirus analizzati nello studio. La linea blu raggruppa le sequenze del neocoronavirus 2019-nCoV umano.
Figura 1 – Albero filogenetico dei coronavirus analizzati nello studio. La linea blu raggruppa le sequenze del neocoronavirus 2019-nCoV umano. Evidenziate anche le sequenze del coronavirus di pipistrello (Bat CoV) e, a distanza evolutiva più elevata, dei virus responsabili delle patologie umane SARS e MERS. Fonte: Le Scienze

Altri dati interessanti riguardano sempre il genoma del virus. Infatti l’RNA del 2019-nCoV è poco mutabile; tuttavia esso presenta elevata variabilità nell’espressione di proteine. Ciò comporta la suddivisione in due sottotipi virali che differiscono per un singolo amminoacido in grado di cambiare sequenza e struttura nella proteina accessoria ORF8, una componente del virus che non è ancora stata caratterizzata.

Se si esclude questa peculiarità, afferma Federico M.Giorgi, il resto dei dati ottenuti sono in realtà rassicuranti. Sequenziando infatti i genomi di vari coronavirus identificati nel mondo, ci si è resi conto di quanto poco il patogeno sia mutevole. Tutti i genomi ottenuti dai pazienti infettati dall’inizio dell’epidemia condividono un’identità di sequenza superiore al 99%. Tale dato sembra avvalorare l’ipotesi per cui i coronavirus non tendono ad evolversi velocemente e non avendo quindi rapide abilità di adattamento un’eventuale terapia farmacologica dovrebbe funzionare su tutti.

Bibliografia

  • Le Scienze. 06 febbraio 2020. “Coronavirus 2019-nCoV: la più grande meta-analisi di tutti i genomi sequenziati”
    Fonte: Università di Bologna
  • ANSA.it-S&T-Biotech. “Coronavirus, a metà dicembre le prime trasmissioni uomo-uomo”. Monica Nardone. 02 febbraio 2020

4 commenti su “Coronavirus 2019-nCoV, una meta-analisi tutta italiana”

  1. Chiedo scusa, quali sono le tecniche che si usano per stabilire se una persona ha contratto un virus ed in particolare il Coronavirus2019-nCov? Esiste un tampone? Quali sono i tempi di risposta del test? Quanto è attendibile?

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  2. Ciao Ludovica. Per ora le misure adottate sembrano queste: c’è un numero verde apposito 1500 che si può chiamare, dopo un consulto telefonico se viene ritenuto un caso sospetto, un equipè medica viene inviata per portarti in ospedale senza passare per il pronto soccorso, prelevarti un campione naso e bocca e analizzare, nel giro di 24 ore si invia ai centri analisi specifici come lo Spallanzani, i quali con un’analisi di 4 ore possono darti il risultato. Presumo vista la tempistica che analizzino in RT-PCR

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  3. Grazie per la sua cortese risposta. Da quel poco che so non è così facile individuare la presenza di un virus e mi chiedevo se i test siano così precisi e attendibili se non con analisi del sangue. I numeri che sono stati dati, forse in fretta e furia, stanno influenzando non poco la vita di tutti.

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