Motm browser è un client estremamente funzionale e rapido del Protein Data Bank. Questa applicazione dalla grafica facile ed accattivante offre una panoramica ampia sulle strutture tridimensionali di moltissime proteine implicate delle più disparate funzioni cellulari.
Tutti sanno come sono fatti un ragno o un ghepardo e da cosa derivano le loro capacità, ma in pochi sanno come è fatto un apoptosoma o il capside dell’HIV nonostante questi ultimi molto spesso siano molto più determinanti nella vita delle persone.
Fig.1: Alcuni screenshot dell’app: la Home, varie strutture legate all’apoptosoma e un apoptosoma nel visualizzatore 3D
La visualizzazione è immediata, nella lista ogni proteina è affiancata dalla sua ultrastruttura rappresentata in stile cartoon. Di ogni proteina è presente il link a un paper descrittivo molto accurato che illustra il meccanismo di catalisi e le implicazioni funzionali della struttura all’interno del sistema cellulare.
Nella app sono presenti anche capsidi virali, proteine mal ripiegate patologiche e strumenti biotecnologici a formare una raccolta complessiva in grado di interessare ed informare un qualsiasi possessore di un dispositivo Android. Infatti l’app è purtroppo disponibile solo per questo sistema operativo, almeno per il momento.
Raccogliendo le “Molecole del mese” dal Protein Data Bank, Motm browser crea un database consultabile da chiunque sappia un po’ di inglese, in grado di fornire tantissime strutture dettagliate e bellissime di tante proteine e non solo. Infatti, si ritrovano anche RNA, dita di Zinco e addirittura strutture non presenti in natura, tra cui una che mi ha particolarmente incuriosito, un reticolo cristallino fatto di DNA! Si tratta di una struttura analoga a quella dei cristalli minerali, ma costituita da DNA.
La molecola del mese è il “rotore del pilo” una struttura che non può non riguardarci (Fig.2).
L’app è fornita di un visualizzatore 3D nativo che soffre ancora di qualche piccolo difetto, ma nulla di grave: è possibile esplorare la struttura di ciascuna proteina evidenziando siti attivi e ripiegamenti ruotando e zoommando con col le dita; nella maggior parte dei casi sono visualizzabili le strutture delle singole sub-unità che compongono una proteina, ma anche grossi complessi multiproteici, come per esempio un enanceosoma.
L’applicazione è ancora in versione beta, ma entrare tra i tester è veramente facile e da tempo non dà più problemi, forse pecca solo in quanto un po’ scarna di funzioni. E’ presente solo la modalità scura per i lettori notturni, ma nonostante questo rimane cosigliatissima e un must per ogni biologo e per ogni curioso!
Alessandro Clochiatti
NOTA: La rubrica “Molecule of the Month” è a cura del Dr. Goodsell, in collaborazione con il PDB. (Autore anche dell’immagine in evidenza.)
